Пещеры Светлячков Waitomo впервые исследовались в 1887 местным правителем маори Тан Тиноро, сопровождаемым английским исследователем Фредом Мэйсом. Местный народ маори знал о существовании Пещер, но подземные пещеры экстенсивно никогда не исследовались, пока Фред и Тан не решились досконально все изучить. Они построили плот из побегов льна и со свечами в руке поплыли в пещеру, где поток уходил в подземелье.

Когда они попали в пещеры и столкнулись с Гротом Светлячка, то были поражены мерцающим свечением, охватывающим все внутри. Внутри также были обнаружены формирования известняка самых причудливых форм.

Пораженные своим открытием, они возвращались много раз, чтобы исследовать далее, и во время одного из последующих походов руководитель Тан обнаружил верхний вход в пещеру, который является теперь главным входом. К 1889 Тан Тиноро открыл пещеру для туристов, вместе с его женой Ути они проводили экскурсии за небольшую плату. В 1906 администрирование Вайтомо было принято правительством. Местные люди теперь получают процент дохода от туризма и включены в управление и разработку пещеры.